Radovan Karadžić je, prema nezvaničnim informacijama, prve godine skrivanja proveo u Bosni i Hercegovini.
Navodno je živio na području Foče, a jedno vrijeme se skrivao u vojnoj bazi u Han-Pijesku. SFOR i pripadnici američke, britanske, francuske i drugih službi sigurnosti iz petnih žila su se trudili da ga pronađu, ali bezuspješno.
Pet godina kasnije, 2001., Sjedinjene Američke Države raspisuju nagradu za njegovo hapšenje. Pet miliona dolara smiješilo se onome ko pruži informacije koje bi dovele do hapšenja Karadžića. Ni to nije pomoglo. Karadžić je nestao! Spekulisalo se da se krije po pravoslavnim manastirima, da je u Ostrogu ili na Svetoj Gori, da boravi na Tari, živi u Crnoj Gori, Rusiji, Bjelorusiji, Češkoj, Grčkoj. Međutim, postoje osnovane sumnje da se upravo tada preselio u Srbiju, jer je smatrao da će ga tu najteže locirati. I dalje je imao poznanstva na ključnim mjestima, a posebno u nereformisanim službama bezbjednosti.
Prve dvije godine navodno je živio u Novom Sadu, da bi se 2003. godine preselio u Beograd. Tada je pustio kosu i bradu, stavio naočare i postao dr. Dragan David Dabić, stručnjak za alternativnu medicinu. Svoj novi identitet ukrao je od penzionisanog zidara iz Rume – Dragana Dabića, koji je tvrdio da je za to saznao tek nakon hapšenja, kada je policija došla kod njega i uzela mu izjavu o tome. Tvrdi da ne zna kako je kopija njegove lične karte završila kod Karadžića. “Kako je došao do novog identiteta, spekuliše se da mu je identitet dala DB.
Lokalni funkcioneri MUP-a to nisu mogli da urade”, rekao je Vuk Cvijić, novinar BLIC-a. Pod lažnim imenom počeo je da stvara novu karijeru. Dragan Dabić postao je uvaženi član male zajednice pristalica zdravog života, alternativne medicine, ali i jedne vrste meditacije poznate i kao tihovanje. Nudio je ljekarsku pomoć za depresiju, astmu, dijabetes, epilepsiju, pa i seksualne smetnje. Držao je predavanja širom Srbije, pisao za časopis Zdrav život, njegovi nastupi su se javno reklamirali i nije se krio od kamera. Imao je svoj web sajt, javno je dijelio svoj broj telefona i email adresu. Izgledao je kao čovjek koji nema šta da krije. Sa ličnim dokumentima koje je posjedovao, navodno je putovao i van Srbije.
Prema nepotvrđenim informacijama, Bezbjednosno-informativna agencija konačno ga je locirala krajem juna 2008. godine. Pratili su ga punih mjesec dana, utvrđujući da li se zaista radi o Radovanu Karadžiću. Vijest o hapšenju najtraženijeg haškog bjegunca odjeknula je 21. jula 2008. godine. Prema dostupnim i nikada potvrdjenim informacijama, pripadnici Vojno bezbedosne agencije ušli su u autobus 73 koji saobraća od novog bneograda ka batajnici. U polupraznom autobusu, koji je u tom trenutku bio na batajničkom drumu, prišli su starijem čovek duge sede kose i brade. Navnodno su mu pripli s ledja, prvo mu na lice navukli šešir koji je imao na glavi, a potom ga izveli iz autobusa, vezali mu oči, ubacili u automobil i odvezli u zatvor. Nije se opirao.
U prvi mah je govorio da je on Dragan Dabić, da bi, tek kad su ga doveli pred istražnog sudiju, potvrdio svoj pravi identitet. Međutim, Karadžić je tvrdio da je uhapšen 18 jula, oko pola 11 uveče i da su ga puna tri dana nepoznati ljudi držali zatvorenog. Sumnje u zvaničnu verziju hapšenja i dalje postoje, očevici nisu pronađeni, kao ni vozač autobusa, a čak su i svi autoprevoznici demantovali da je u njihovim vozilima bilo ko uhapšen. Vlast u Srbiji tvrdila je da je Radovan Karadžić lociran i uhapšen zahvaljujući mreži jataka koje je imao, ali nikada niko nije procesuiran zbog pružanja zaštite haškom bjeguncu. Karadžić je naknadno tvrdio da se nije krio.
Imao je nov identitet i bio je uvjeren da je zaštićen od progona. I danas se poziva na usmeni dogovor koji je navodno napravio sa Richardom Holbrookeom, tadašnjim američkim izaslanikom, da se povuče iz svih sfera javnog i političkog života i postupno nestane iz fokusa, što je i učinio 30. juna 1996. godine, kada je prenio sva ovlašćenja na tadašnju potpredsjednicu Republike Srpske – Biljanu Plavšić. Zauzvrat, kako je tvrdio, dobio je usmene garancije da neće odgovarati za zločine koji mu se stavljaju na teret i ostati na slobodi, što je sam Holbrooke demantovao.